Professor Titular de Microbiologia Clínica e-ex-diretor do Instituto de Microbiologia Clínica, Faculdade de Medicina da Universidade Austral de Chile.

Durante os primeiros anos de sua carreira, ele trabalhou no diagnóstico microbiológico de agentes bacterianos zoonóticos. Desde 1980 suas linhas de pesquisas são voltadas para Campylobacter e microrganismos relacionados.

Ele era instrutor em cursos diferentes na Argentina e no México do WHO SalmSurvNet  (agora renomeada GFN). Dr. Fernández foi membro do WHO Experts Committee on Campylobacter,  da Chilean Agency for Food Safety  e do WHO Advisory Group on Integrated Surveillance of Antimicrobial Resistance (AGISAR), pertencente a este último até junho.